Flappy Moonbirds là một trò chơi theo phong cách arcade, trong đó người chơi điều khiển chú chim Owlie. Owlie di chuyển liên tục sang bên phải và nhiệm vụ của người chơi là điều hướng nó qua các cặp ống với các khoảng trống được đặt ở độ cao ngẫu nhiên. Người chơi chạm vào màn hình cảm ứng để làm cho Owlie bay lên và nó sẽ tự động hạ xuống. Mỗi lần vượt qua thành công một cặp ống sẽ mang lại cho người chơi một điểm và mỗi lần thu thập thành công Ether sẽ thưởng cho người chơi mười điểm.